Обзор

Секвенирование опухоли на уровне ДНК превращает один образец ткани в карту мутаций, которые способствуют развитию заболевания. Панель из 12 генов плюс анализ микросателлитной нестабильности (MSI) применяет секвенирование нового поколения на основе ампликонов для выявления изменений, определяющих эффективность таргетных препаратов. Такая сфокусированная конструкция предоставляет онкологическим командам быстрый и экономичный геномный снимок без затрат на очень большую панель.

Как это работает

Анализ обогащает и секвенирует двенадцать генов, связанных с раком, — включая EGFR, KRAS, BRAF, ALK и MET — непосредственно из формалин-фиксированной, парафинизированной (FFPE) ткани. Подготовка библиотек использует мультиплексную полимеразную цепную реакцию для амплификации целевых регионов, что обеспечивает эффективность рабочего процесса даже при ограниченном количестве исходного материала. После секвенирования биоинформатические конвейеры выравнивают прочтения, определяют однонуклеотидные варианты и небольшие вставки или делеции, а также вычисляют статус MSI путем сравнения распределения длин повторяющихся локусов со стабильным эталоном. Затем в отчете перечисляется каждый обнаруженный вариант с его геномной позицией, аллельной частотой и аннотацией клинической значимости, взятой из общедоступных баз данных вариантов.

Показания

Врачи назначают эту панель пациентам с распространенным немелкоклеточным раком легкого, которым требуется сфокусированная геномная картина перед началом терапии. Она подходит для случаев, когда широкая панель не требуется, но необходимо подтверждение наиболее действенных драйверов. Компонент MSI добавляет ценность для пациентов, рассматриваемых для иммунотерапии, поскольку высокая MSI предсказывает ответ на ингибиторы контрольных точек при различных типах опухолей.

Образец и отчетность

Одного FFPE блока или 5–10 неокрашенных срезов достаточно для проведения анализа. Срок выполнения обычно составляет 7–10 рабочих дней с момента получения образца, а результаты доставляются в виде структурированного PDF-файла с таблицами вариантов и сводкой интерпретации. Повторная экстракция доступна, когда начальное количество нуклеиновой кислоты падает ниже валидированного порога.

Хранение и поставка

Свитки ткани следует отправлять при комнатной температуре с осушителем, а экстрагированную нуклеиновую кислоту — на сухом льду для сохранения целостности. Для больничных и дистрибьюторских партнеров пакетные отправки снижают стоимость на образец и оптимизируют планирование работы лаборатории. Give Life Time International поддерживает повторные заказы и консолидированную логистику для групп, использующих панель в больших объемах.

Часто задаваемые вопросы

В: Какие гены входят в панель из 12 генов? Панель охватывает EGFR, KRAS, BRAF, ALK, MET и другие высокочастотные драйверы рака легкого, отобранные из-за их установленной связи с одобренными методами лечения.

В: Как определяется статус MSI в том же анализе? Конвейер измеряет проскальзывание в повторяющихся локусах и сравнивает наблюдаемое распределение длин со стабильным эталоном, классифицируя образец как MSS, MSI-L или MSI-H.

В: Какое количество образца необходимо при дефиците ткани? Обычно достаточно пяти-десяти неокрашенных FFPE срезов, а этап подготовки библиотек на основе ПЦР допускает меньшее количество исходного материала, чем методы полноэкзомного секвенирования.

В: Может ли отчет помочь в выборе таргетной терапии первой линии? Да. Обнаруженные сенсибилизирующие варианты, такие как делеции в 19 экзоне EGFR или слияния ALK, сообщаются с указанием ассоциаций с терапией для поддержки решений о первой линии лечения.